Το κτίριο όπου στεγάζεται σήμερα η Γενική Γραμματεία Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής χτίστηκε στα 1893 από τους τότε Οθωμανούς διοικούντες το νησί ως έδρα Διοίκησης αρχικά του νησιού και στη συνέχεια ολόκληρου του Αιγαίου.

Στις 8 Νοεμβρίου 1912 στο κτίριο αυτό παραδόθηκε η διοίκηση της πόλης της Μυτιλήνης στον πρώτο έλληνα στρατιωτικό διοικητή Κωνσταντίνο Μελά αδελφό του Μακεδονομάχου ήρωα Παύλου Μελά. Στις 9 Μαΐου 1920 παραχωρήθηκε από τη Μουσουλμανική Κοινότητα Μυτιλήνης ως «δωρεά επί ζωή επί δραχμών 10.000» στο Γενικό Διευθυντή Λέσβου Ιωάννη Χρυσοβελώνη ως εκπρόσωπο του Ελληνικού Κράτους για να χρησιμοποιηθεί «δια την στέγασιν και ανατροφήν των ορφανών ασχέτως θρησκευτικής διακρίσεως». Αμέσως άρχισε η λειτουργία του ως έδρα και εγκαταστάσεις του «εν Λέσβω Ασύλου Παιδός» το οποίο μετέπειτα ονομάσθηκε σε «Κέντρο Παιδικής Μερίμνης Αρρένων Μυτιλήνης - Κ.Π.Μ.Α.Μ».
Σήμερα ιδιοκτησιακά το κτίριο ανήκει στο Δημόσιο.

Στην περίοδο 1988-1989 το κτίριο επισκευάσθηκε και έγιναν δύο προσθήκες ενώ από τον Ιούλιο του 1989 στεγάζονται όλες οι Υπηρεσίες της Κεντρικής Διοίκησης του πρώην Υπουργείου Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής. Κατά τη διάρκεια των έργων επισκευής ανακαλύφθηκε στη νότια πλευρά του κτιρίου αρχαιολογικό πηγάδι στο οποίο ήταν κρυμμένα σημαντικά ευρήματα των κλασικών χρόνων και τα οποία σήμερα εκτίθενται στο αρχαιολογικό μουσείο Μυτιλήνης. Στον αύλειο χώρο επίσης βρέθηκαν αποθήκες με πολεμικό υλικό της Οθωμανικής περιόδου. Το κτίριο είναι χτισμένο σε οικόπεδο συνολικής επιφάνειας 12 στρεμμάτων. Η συνολική επιφάνεια των χώρων εργασίας και των κοινόχρηστων είναι περίπου 1200 τετραγωνικά μέτρα. Το 2001 έγιναν επισκευές και ανακαινίσεις στο κυρίως κτίριο και στον περιβάλλοντα χώρο.

Κατά την περίοδο 2005-2007 ανακατασκευάστηκε το ανατολικό κτίριο του συγκροτήματος και επισκευάστικαν τμήματα της βόρειας και νότιας πτέρυγας του.