Τα προγράμματα απευθύνονται σε μαθητές και εκπαιδευτικούς της Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης λειτουργούν σε καθημερινή βάση και έχουν ως στόχο τη δημιουργική επαφή των παιδιών με τον αρχαίο ελληνικό πολιτισμό.
Κατά τη διάρκεια των δεκαπέντε χρόνων λειτουργίας του Μουσείου περισσότεροι από 150.000 μαθητές περιηγήθηκαν στις μόνιμες Συλλογές αλλά και στις περιοδικές Εκθέσεις οι περισσότεροι από αυτούς στα πλαίσια των Εκπαιδευτικών Προγραμμάτων.
Η μεγάλη απήχηση των προγραμμάτων στα σχολεία ήταν η αφορμή για τη δημιουργία δανειστικού υλικού που περιλαμβάνει τις Μουσειοσκευές και τους Εκπαιδευτικούς Φακέλους. Με τον τρόπο αυτό οι μαθητές αλλά και οι εκπαιδευτικοί σχολείων απομακρυσμένων περιοχών έχουν τη δυνατότητα να γνωρίσουν  από κοντά τον κόσμο του Μουσείου.

Το Υπουργείο Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής στην προσπάθειά του να ευαισθητοποιήσει τους μαθητές των νησιών σε θέματα πολιτιστικής κληρονομιάς συνεργάστηκε κατ' επανάληψη με το Μουσείο.

Το 1989 χρηματοδότησε την κατασκευή μιας Εκπαιδευτικής Μουσειοσκευής με θέμα τον Κυκλαδικό Πολιτισμό η οποία περιείχε αντίγραφα ειδωλίων αγγείων και εργαλείων καθώς και βιβλία ενημερωτικό υλικό διαφάνειες προτάσεις για εργασία στην τάξη και εκπαιδευτικά παιχνίδια. Η Μουσειοσκευή αυτή παρουσιάστηκε στους εκπαιδευτικούς του νησιού και στη συνέχεια το Υπουργείο Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής ανέλαβε τη διακίνησή της σε σχολεία της Μυτιλήνης και της Λήμνου.

To 1998 με χορηγία του Υπουργείου Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής διοργανώθηκε από το Τμήμα Εκπαιδευτικών Προγραμμάτων του Μουσείου Κυκλαδικής Τέχνης ένα εκπαιδευτικό πρόγραμμα για όλα τα νησιά του Αιγαίου. Κατασκευάστηκαν οκτώ Μουσειοσκευές με θέμα τον Κυκλαδικό Πολιτισμό και πραγματοποιήθηκαν σεμινάρια σε συνεργασία με τις Διευθύνσεις Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης για τους εκπαιδευτικούς σε νησιά των Κυκλάδων. Έπειτα από κάθε σεμινάριο η Μουσειοσκευή παρέμεινε στο νησί για δεκαπέντε περίπου μέρες ώστε να παρουσιαστεί στα σχολεία από τους εκπαιδευτικούς που είχαν παρακολουθήσει τα σεμινάρια. Με την ολοκλήρωση των σεμιναρίων οι Μουσειοσκευές παραδόθηκαν στο Υπουργείο Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής το οποίο και τις διέθεσε στις Διευθύνσεις των πέντε νομών.
Στα πλαίσια του ίδιου προγράμματος δημιουργήθηκαν 100 καινούργιες Μουσειοσκευές με τίτλο "Παίζοντας στην αρχαία Ελλάδα". Στόχος μας ήταν να μάθουν τα παιδιά τις ρίζες τις αρχικές ονομασίες τους κανόνες αλλά και τις αλλαγές στη μορφή πολλών παιχνιδιών που παίζονταν από τα αρχαία χρόνια έως τις μέρες μας. Oι Μουσειοσκευές αυτές εστάλησαν σε ισάριθμα σχολεία αραιοκατοικημένων νησιών του Αιγαίου. Το πρόγραμμα αυτό παρουσιάστηκε και στο Πανεπιστήμιο της Τυφλίδος στην Έδρα Νεοελληνικών Σπουδών το Μάϊο 1998 από την κ. Μάγδα Αλβανού και στη συνέχεια δέκα από αυτές τις Μουσειοσκευές δωρήθηκαν σε ελληνόγλωσσα σχολεία της περιοχής.

Το Νοέμβριο 2000 τέλος το Υπουργείο Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής διέθεσε 500 εκπαιδευτικούς φακέλους με θέμα τον Κυκλαδικό Πολιτισμό τους οποίους παρείχε δωρεάν το Μουσείο σε σχολικές βιβλιοθήκες των νησιών του Αιγαίου. Oι φάκελοι αυτοί περιέχουν διαφάνειες βιβλίο για τον δάσκαλο και δύο εκπαιδευτικά παιχνίδια. Αγόρασε επίσης 1000 εκπαιδευτικά παιχνίδια Τόμπολα-Κυκλαδικός Πολιτισμός παραγωγής του Τμήματος Εκπαιδευτικών Προγραμμάτων του Μουσείου για να τα διαθέσει σε πολιτιστικούς φορείς και σχολεία των νησιών του Αιγαίου.

Αρχαιολόγος Μουσείο Κυκλαδικής Τέχνης